L'innesto di una struttura universitaria nella città di Bergamo avvenne nel 1961 con l'apertura della Scuola superiore di giornalismo e mezzi audiovisivi, scuola biennale di specializzazione post-laurea, nata su iniziativa dell'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano e con il concorso del Comune di Bergamo, sotto la direzione del prof. Mario Apollonio. La scuola, sebbene durata brevemente nella realtà bergamasca, contribuì significativamente a creare le premesse per una nuova sensibilità. La sua stessa ubicazione nel Palazzo del Podestà sulla Piazza Vecchia, cioè nel cuore della città, segnò l'avvio di un nuovo rapporto con il centro storico, efficace anche ai fini della rivitalizzazione attraverso la nobiltà della nuova funzione. Con la costituzione, il 16 novembre 1968, del "Consorzio per l'istituzione di facoltà universitarie in Bergamo" che vedeva la presenza del Comune di Bergamo, dell'Amministrazione Provinciale e della Camera di Commercio, si crearono le condizioni per l'avvio di iniziative espresse direttamente dalla città e per l'effettiva nascita dell'Università di Bergamo.
In seguito alla chiusura del corso di Lingue Straniere presso l'Università Bocconi di Milano, nello stesso 1968 si scelse di dar vita all'Istituto di Lingue e Letterature Straniere, attraverso un comitato ordinatore presieduto dal prof. Vittore Branca. Lo statuto dell'Istituto Universitario fu approvato nel dicembre del 1968.
I corsi iniziarono già nell'a.a. 1968-69, rettore lo stesso prof. Branca, con l'attivazione tra l'altro delle cinque lingue fondamentali (francese, inglese, spagnolo, russo, tedesco).
Nel 1974, sotto la gestione di Serio Galeotti, rettore nel periodo 1972-1975, viene istituito il Corso di laurea in Economia e commercio; l'attivazione portò un sensibile vantaggio, in quanto irrobustì il corpo docente, aumentò il numero degli studenti e al contempo stimolò l'interesse degli enti finanziatori che vedevano con soddisfazione l'Università svolgere un ruolo anche di servizio alle attività economiche e amministrative locali.
Sotto la gestione del nuovo rettore Giorgio Szëgo, espresso dalla nuova Facoltà di Economia e Commercio, l'Università si rafforza ulteriormente.
La distinzione, nel 1985, in due Facoltà e in special modo la statizzazione nel 1990 segnarono una svolta fondamentale nell'assetto e nella vita dell'Università, ma sarà il rettore Pietro Enrico Ferri, sempre nel 1990, ad attivare anche la Facoltà di Ingegneria a Dalmine e a realizzare il passaggio dell'Istituzione allo Stato con la nuova denominazione di Università degli Studi di Bergamo.
Il potenziamento e l'articolazione della proposta formativa venivano così a coprire ampiamente tre importanti settori, interagendo con la domanda del territorio, non solo a scala locale ma entro il più vasto contesto della Regione Lombardia.
L'ateneo si è andato via via sviluppando e, soprattutto negli ultimi anni, sotto la guida del rettore Alberto Castoldi, ha registrato un incremento notevole.
Nel 2001 è avvenuto il trasferimento della Facoltà di Economia da Città alta a Bergamo Bassa, nella sede di via dei Caniana. Con l'acquisizione della nuova sede di Sant'Agostino e del vicino ex Pensionato Baroni (che costituiscono il nucleo di un nuovo polo umanistico orientato a tutte le discipline artistiche), l'ateneo può ora contare su una superficie di 40.000 metri quadrati.
Importante è anche il consolidamento di un'attività scientifica che va oltre i confini nazionali. L'Università degli studi di Bergamo è ad esempio sede amministrativa di numerosi Dottorati di ricerca e può contare su iniziative di prestigio quali il Seminario internazionale di lingua russa, il Corso di lingua e cultura italiana per stranieri, il Centro di eccellenza in antropologia, l'Osservatorio sulle fusioni bancarie, il Centro studi sul territorio, il Centro per la qualità dell'insegnamento e dell'apprendimento e la Scuola di Management.
Originale ed efficace è poi il sistema di relazioni attivate con il territorio. Varie associazioni di categoria si sono ad esempio conglobate nel finanziamento dell'associazione Pro Universitate Bergomensi che coadiuva l'ateneo nelle sue iniziative, a testimonianza della collaborazione creatasi fra Università e mondo imprenditoriale. Una realtà che ha portato alla nascita di alcuni corsi di laurea unici in Italia, come quello di Ingegneria tessile, e al finanziamento di laboratori e progetti di ricerca in vari campi.
L'Università degli studi di Bergamo costituisce oggi una presenza forte e significativa nella realtà bergamasca e lombarda. La sua stessa dislocazione in alcuni complessi monumentali della Città Alta, in una sede funzionale nella Città Bassa, nonché nella particolare realtà urbanistica di Dalmine, rende evidente il suo radicamento nella città e nel territorio.
Attualmente l'Ateneo bergamasco, grazie all'impegno costante per il rinnovamento e l'ampliamento dell'offerta formativa e delle strutture, consta di 5 facoltà (Economia, Giurispredenza, Ingegneria, Lettere e Filosofia, Lingue e Letterature straniere), 17 corsi di laurea triennali, 13 corsi di laurea specialistica e una scuola di specializzazione per l'abilitazione all'insegnamento.
L'organizzazione didattica si avvale di varie opportunità offerte agli studenti: scambi con l'estero (la percentuale di scambi del programma Erasmus è fra le più alte in Italia), stages presso aziende ed enti sia in provincia, sia in Italia che in tutto il mondo, tirocini, tutorato, corsi propedeutici, corsi di perfezionamento post-laurea, master di primo e secondo livello.
Inoltre è attivo presso l'Ateneo un centro e-Learning, con la progettazione, lo sviluppo e l'utilizzo di strumenti per la didattica a distanza.
Punti di forza dell'Università degli studi di Bergamo risultano quindi essere l'ampio ventaglio dell'offerta formativa, l'ottimo funzionamento dei numerosi laboratori a disposizione degli studenti, gli ambiziosi centri di ricerca e non ultimo il fatto che l'Ateneo opera in un territorio fra i più dinamici sul piano culturale ed economico.