La Camera di Commercio di Pesaro e Urbino trae le sue lontane origini dalle Corporazioni dei Mercanti, che, insieme con quelle delle Arti e Mestieri, ebbero florida vita nei liberi Comuni del Medio Evo e che, a loro volta, si fanno derivare dalle organizzazioni di classe dell'Epoca Romana, costituite anche in Pesaro, subito dopo la concessione della cittadinanza romana agli abitanti della Provincia, avvenuta nell'anno 665 a.C.. Gli "Statuti del Collegio dei Mercanti" della città di Pesaro, attribuiti a Francesco Maria della Rovere, risultavano pubblicati il 16 marzo 1575. L'importante documento, che porta la data del 1576, mostra come nella provincia esistessero le Corporazioni dei Mercanti che, come quelle di Arti e Mestieri, ebbero vita rigogliosa in Italia. Il Collegio dei Mercanti si componeva di 24 membri, fra i quali si nominavano tre consoli; dipendeva dal Vicario delle Gabelle, che, insieme ai Consoli, doveva "interpretare pubblicamente a qualunque persona vorrà udire una lettione de la Istituta dechiarando il testo con le sue glosse: due dì della settimana e cioè il martedì e venerdì". Il Vicario, i tre consoli, sei consiglieri, che si pronunciavano sulle questioni di maggior momento, costituivano la corte giudicante di I grado; segretario ed archivista era un notaio. Le pene avevano quasi sempre un carattere pecuniario.
Con Editto Pontificio del 18 aprile 1825 veniva istituito un Tribunale di Commercio con giurisdizione in tutta la delegazione Apostolica, che allora comprendeva, oltre il territorio della provincia di Pesaro e Urbino, le città di Senigallia e Gubbio. L'insediamento del nuovo Tribunale Mercantile avveniva il 1° maggio 1825.
Con Editto del 31 gennaio 1835 fu istituita a Pesaro la Camera Sussidiaria di Commercio, Arti e Manifatture, dipendente, per le direttive di bilancio, da quella primaria di Ancona, la quale venne così a sostituire il Collegio Mercantile; il 20 dicembre 1836 fu insediato il Consiglio della Camera Sussidiaria, composto di 8 membri.
La legge del Regno d'Italia 6 luglio 1862, n.680, "sull'ordinamento delle Camere di Commercio ed Arti in tutto il Regno", trovò quindi la Camera di Pesaro già costituita e funzionante, tra le prime 26 Camere allora esistenti.
Il R.D. 8 maggio 1924, n.750, provvide ad un più organico ordinamento dell'ente sotto la denominazione di "Camera di Commercio e Industria", riconoscendone espressamente la natura pubblicistica; ma la nuova struttura ebbe breve durata poiché la Camera fu soppressa con legge 18 aprile 1926 e trasformata in Consiglio Provinciale della Economia, presieduta dal Prefetto.
In virtù del D.L.L. 21 settembre 1944, n.315, la Camera di Commercio è stata ricostituita, parallelamente, ma con netta distinzione e con attribuzioni autonome, agli uffici Provinciali Industria e Commercio, per il coordinamento e la rappresentanza degli interessi economici della provincia e per l'esercizio delle funzioni e dei poteri ad essa demandati dalla legge, fino allora attribuiti ai soppressi Consigli dell'Economia. In particolare, per quanto attiene alla Camera di Pesaro e Urbino, si richiama il Decreto Prefettizio del 18 novembre 1944, n.389 (Prefetto de Goyzueta) con il quale è stata istituita la Camera di Commercio, Industria e Agricoltura a seguito della soppressione del Consiglio Provinciale dell'Economia avvenuta con ordinanza del Comando Militare Alleato n.6 dell'8 settembre 1944.
Le Camere sono state infine riformate con la legge di riordino del 29 dicembre 1993, n.580.
